西格玛、释玛）在将太空殖民地“欧拉西亚”引下地球并坠落。 x 与zero一同力战σ，最后zero和σ互相向对方放出致命一击。大难不死的 x 手持好友的zero剑，继续守护地球的和平和帮助进行复兴计划。灾难过后，地上的环境变得荒芜，人类亦转到地下居住，由思考型机器人和重工型机器人负责重建工作。
“欧拉西亚”坠落处旁的沙漠上，站着一位穿着白袍的思考型机器人──基特，对这太空殖民地的广大遗迹感到好奇的同时，他发现了一块与别不同旳碎片，决定把它带回研究所分析。一星期后，基特在研究所中发现该碎片拥有巨大力量，并开始加以利用……
“欧拉西亚事件” 后三个星期，休息中的 x 被艾莉亚叫醒，到“欧拉西亚”坠落处阻止一部故障的重工型机械。该巨型作业机械被打败后发生爆炸，说时迟那时快，一个与zero极之相似的紫色身影降临于 x 的面前，一剑将那机械的残骸斩至粉碎，再一言不发地离开现场！“ze……zero？！” x 与艾莉亚不敢相信刚才发生的事，但危机又再次迫近──一名自称 high max 的神秘思考型机器人紧随紫色的零到场， x 不满他中伤zero为一恶梦（nightmare），并且挑起战斗。 high max 的防御力太强，他将 x 置储不理，亦叫 x 不要插手。
及后不久，基特的助手艾索克发表公开演说，声称“恶梦”现象日益濒繁，而zero的出现是当中的因由，有见及此，基特将会建立一个脱离“恶梦”的国度，并且派出八位调查员去搜集“恶梦zero”的资料。 x 对基特的动机深感怀疑，决定闯进调查区域去“调查这场调查”……
游戏特色:
1.更丰富的故事剧情与优异的画面表现。
2.多样化的武器强化系统。
---打倒把关取特殊零件强化自己，八种特殊武器, 40种强化零件....
3.满足玩家收藏欲望的装甲系统
猎鹰装甲(Falcom Armor) ，光剑装甲(Blade Armor) 与
影忍装甲(Shadow Armor)提高玩家战斗力。
4. 终极武器－使用超强暗黑杰洛攻打魔王吧！
5. 透过隐藏路线还有隐藏被?魔(nightmare)附身的头目会出现